取引単位でトークン決済サービスと三者間画面サービス（リンク型画面決済）を使い分けることはできますか？

【対象の方】

可能です。

トークン決済サービス、三者間画面サービス(リンク型画面決済)の接続先URLがそれぞれ異なるため、事業者サイト側でURLを振り分けることで使い分けできます。